İç Denetim; Kamu Kurum ve Kuruluşlarının gündemine 10.12.2003 tarihli 5018 sayılı Kanunun 63. maddesiyle girmiş ve iç denetimin uluslararası kabul görmüş standartlara uygun olarak iç denetçiler tarafından yapılacağı, idarelerde doğrudan üst yöneticiye bağlı İç Denetim Birimi Başkanlıklarının faaliyete geçirileceği yönünde hükümle ifade edilmiştir.
Rektörlük Makamının 04/05/2016 tarihli OLUR’u doğrultusunda kurulan Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi İç Denetim Birimi Başkanlığı, anılan tarihten itibaren doğrudan Rektöre bağlı olarak faaliyetlerini yürütmektedir.
İç Denetim Birimi Başkanlığı'nın organizasyon şemasındaki yerini görmek için 